3DLL | Ribosome | date | Jun 27, 2008 |
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title | The Oxazolidinone Antibiotics Perturb The Ribosomal Peptidyl Transferase Center And Effect Trna Positioning | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | D.N.Wilson, F.Schluenzen, J.M.Harms, A.L.Starosta, S.R.Connell, P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rrna-23s Ribosomal Rna Chain: X |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rrna-5s Ribosomal Rna Chain: Z |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L2 Chain: A |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L3 Chain: B |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L4 Chain: C |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L5 Chain: D |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L6 Chain: E |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L11 Chain: F |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L13 Chain: G |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L14 Chain: H |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L15 Chain: I |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L16 Chain: J |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L17 Chain: K |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L18 Chain: L |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L19 Chain: M |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L20 Chain: N |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L21 Chain: O |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L22 Chain: P |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L23 Chain: Q Synonym: General Stress Protein Ctc |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L24 Chain: R |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L25 Chain: S |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L27 Chain: T |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L28 Chain: U |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L29 Chain: V |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L30 Chain: W |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L32 Chain: Y |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L33 Chain: 1 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L34 Chain: 2 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L35 Chain: 3 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L36 Chain: 4 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: I 2 2 2 |
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crystal cell |
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method | X-Ray Diffraction | resolution | 3.50 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, ZLD, ZN | enzyme |
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Gene Ontology |
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Primary reference | The oxazolidinone antibiotics perturb the ribosomal peptidyl-transferase center and effect tRNA positioning., Wilson DN, Schluenzen F, Harms JM, Starosta AL, Connell SR, Fucini P, Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Sep 9;105(36):13339-44. Epub 2008 Aug 29. PMID:18757750 |
OCA© by Jaime Prilusky, 1996-2014,2022 Bioinformatics Unit Weizmann Institute of Science |