3PIO | Ribosome Antibiotic | date | Nov 07, 2010 |
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title | Crystal Structure Of The Synergistic Antibiotic Pair Lankamy Lankacidin In Complex With The Large Ribosomal Subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | M.J.Belousoff, T.Shapira, A.Bashan, E.Zimmerman, K.Arakawa, H.Kin H.Rozenberg, A.Yonath | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosomal 23s Rna Chain: X |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans R1 Organism_taxid: 243230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5s Ribosomal Rna Chain: Y |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans R1 Organism_taxid: 243230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L2 Chain: A |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L3 Chain: B |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L4 Chain: C |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L5 Chain: D |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L6 Chain: E |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L11 Chain: F |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L13 Chain: G |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L14 Chain: H |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L15 Chain: I |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L16 Chain: J |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L17 Chain: K |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L18 Chain: L |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L19 Chain: M |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L20 Chain: N |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L21 Chain: O |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L22 Chain: P |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L23 Chain: Q |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L24 Chain: R |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L25 Chain: S Synonym: General Stress Protein Ctc |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L27 Chain: T |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L28 Chain: U |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L29 Chain: V |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L30 Chain: W |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L32 Chain: Z |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L33 Chain: 1 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L34 Chain: 2 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L35 Chain: 3 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L36 Chain: 4 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: I 2 2 2 |
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crystal cell |
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method | X-Ray Diffraction | resolution | 3.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | K, LMA, MG, NA | enzyme |
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note | 3PIO is a representative structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Crystal structure of the synergistic antibiotic pair, lankamycin and lankacidin, in complex with the large ribosomal subunit., Belousoff MJ, Shapira T, Bashan A, Zimmerman E, Rozenberg H, Arakawa K, Kinashi H, Yonath A, Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Feb 15;108(7):2717-22. Epub 2011 Jan 31. PMID:21282615 |
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